Ξημερώματα της 17 Οκτωβρίου 1941, δύο λόχοι του 220ου Τάγματος Σκαπανέων της Βέρμαχτ με δύναμη 250 ανδρών υπό τις διαταγές των λοχαγών Βέντλερ και Σράινερ Σράινερ ξεκίνησαν από τον Σταυρό Θεσσαλονίκης για τα Κερδύλια έχοντας μαζί τους κρατούμενους Κερδυλιώτες.
Φτάνοντας κοντά στα χωριά άφησαν τα αυτοκίνητα, άρχισαν να ανεβαίνουν από τρία σημεία και περικύκλωσαν τα Άνω Κερδύλια από την θέση Στρόβολο και τα Κάτω Κερδύλια από την θέση Λειβάδια. Η κίνηση αυτή των κατακτητών αιφνιδίασε τους κατοίκους και σχεδόν το σύνολο των κατοίκων των δύο χωριών συνελήφθη. Οι στρατιώτες της Βέρμαχτ συγκέντρωσαν τους άνδρες κατοίκους μεταξύ 16 και 60 χρόνων στις θέσεις Αλώνια και Κούτρες.
Οι γυναίκες και τα παιδιά αρχικά συγκεντρώθηκαν στα σχολεία και στη συνέχεια, αφού είχαν απομακρυνθεί οι άντρες, τους επετράπηκε να πάρουν μαζί τους όσα πράγματα μπορούσαν και να φύγουν προς το Καστρί και την Ευκαρπία, ενώ κλείδωσαν σε κοινοτικό κατάστημα 23 υπερήλικες, οι οποίοι αργότερα κινδύνεψαν από την πυρπόληση του χωριού.
Στις 09.00 το πρωί δόθηκε το σήμα με μια φωτοβολίδα και οι Γερμανοί στρατιώτες άρχισαν να εκτελούν άρρενες κατοίκους ηλικίας από 16 μέχρι 60 ετών. Από την εκτέλεση εξαιρέθηκαν στο Άνω Κερδύλιο δεκαεπτά άτομα άνω των εξήντα ετών, μεταξύ των οποίων ο παπάς, ο δάσκαλος και ο δασοφύλακας και στο Κάτω Κερδύλιο δέκα γέροντες.
Οι άνθρωποι αυτοί χρησιμοποιήθηκαν μετά το τέλος των εκτελέσεων για την ταφή των νεκρών. Τα κτίρια των χωριών κάηκαν εκτός από τις εκκλησίες και μετά την καταστροφή, οι κάτοικοι κατέφυγαν στα χωριά Καστρί και Ευκαρπία.
