Ο Αλέκος Παναγούλης γεννήθηκε στις 2 Ιουλίου 1939 στη Γλυφάδα Αττικής και ήταν το δεύτερο παιδί του αξιωματικού του στρατού Βασιλείου Παναγούλη και της Αθηνάς Κακαβούλη.
Ως φοιτητής στο τμήμα Ηλεκτρολόγων – Μηχανολόγων του Εθνικού Μετσοβίου Πολυτεχνείου αναδείχθηκε ηγετικό στέλεχος του φοιτητικού κινήματος και το 1963 έλαβε μέρος στο Α’ Παμφοιτητικό Συνέδριο ως εκπρόσωπος της σχολής του.
Ήταν μέλος του Κεντρικού Συμβουλίου της ΟΝΕΚ (της νεολαίας της Ενώσεως Κέντρου) και ιδρυτικό στέλεχος της μετεξέλιξής της σε ΕΔΗΝ. Μετά την αποκατάσταση της δημοκρατίας το 1974 διετέλεσε γενικός γραμματέας της ΕΔΗΝ, νεολαίας πλέον της ΕΚΝΔ.
Μετά το πραξικόπημα της 21ης Απριλίου πέρασε αμέσως στην παράνομη δράση κατά της χούντας των συνταγματαρχών, αφού πρώτα λιποτάκτησε (27 Μαΐου) από το στρατό, όπου υπηρετούσε τη θητεία του. Τον ακολούθησε τον Αύγουστο και ο αδελφός του Γεώργιος Παναγούλης, υπολοχαγός των ΛΟΚ, ο οποίος κατέφυγε στο Ισραήλ, συνελήφθη κι εκδόθηκε στην Ελλάδα, αλλά κατά τη διάρκεια της μεταφοράς του στην Ελλάδα με πλοίο, χάθηκαν τα ίχνη του και από τότε θεωρείται αγνοούμενος.
Ο Αλέκος Παναγούλης ήταν ο ουσιαστικός ηγέτης της οργάνωσης «Εθνική Αντίσταση» και ο αρχηγός του ΛΑΟΣ (Λαϊκός Αντιστασιακός Οργανισμός Σαμποτάζ), που ήταν η πιο δυναμική ομάδα της οργάνωσης. Μετά τη λιποταξία του, κατέφυγε μυστικά για μικρό διάστημα στην Κύπρο και, μετά την επιστροφή του στην Αθήνα, οργάνωσε την περίφημη απόπειρα δολοφονίας του αρχηγού της δικτατορίας, Γεωργίου Παπαδόπουλου, την οποία και επιχείρησε στις 13 Αυγούστου 1968 στη λεωφόρο Αθηνών – Σουνίου, κοντά στο Λαγονήσι, όπου ήταν η πολυτελής βίλα στην οποία διέμενε ο δικτάτορας.
Η απόπειρα έγινε με υπονόμευση του δρόμου και την πυροδότηση έκανε ο ίδιος ο Παναγούλης. Η αποτυχία του εγχειρήματος οφειλόταν σε έλλειψη συντονισμού. Ο Παναγούλης συνελήφθη κρυμμένος στα βράχια της παραλίας και οδηγήθηκε στο κρατητήριο της ΕΣΑ, όπου βασανίστηκε με απάνθρωπη σκληρότητα για να καταδώσει τους συνεργάτες του. Άντεξε με απαράμιλλη γενναιότητα τα βασανιστήρια, χωρίς να ομολογήσει απολύτως τίποτε.
Όπως σημειώνει η ιταλίδα δημοσιογράφος Οριάνα Φαλάτσι στη συνέντευξή της με τον Αλέξανδρο Παναγούλη μετά την απελευθέρωσή του, η ενέργειά του αυτή του ήταν μία πολιτική πράξη εναντίον της δικτατορίας. «Δεν επιδίωξα να σκοτώσω έναν άνθρωπο. Δεν είμαι ικανός να σκοτώσω έναν άνθρωπο. Επιδίωξα να σκοτώσω έναν τύραννο» της είπε.
Στις 17 Νοεμβρίου 1968 καταδικάσθηκε σε θάνατο από το Στρατοδικείο Αθηνών και σε ποινές φυλάκισης 11 συγκατηγορούμενοί του, μέλη της οργάνωσης «Εθνική Αντίσταση», ανάμεσα στα οποίους οι μετέπειτα υπουργοί του ΠΑΣΟΚ Λευτέρης Βερυβάκης και Στάθης Γιώτας. Η θανατική ποινή δεν εκτελέστηκε, χάρη στην κινητοποίηση της διεθνούς κοινής γνώμης (διαμαρτυρίες κομμάτων και οργανώσεων, λαϊκές συγκεντρώσεις διαμαρτυρίας σε όλο τον κόσμο, διαβήματα κυβερνήσεων, εκκλήσεις προσωπικοτήτων όπως του Πάπα Παύλου του 6ου και του γενικού γραμματέα του ΟΗΕ Ου Θαντ).
Παρέμεινε, ωστόσο, για πέντε χρόνια έγκλειστος στις στρατιωτικές φυλακές Μπογιατίου. Στις 5 Ιουνίου 1969 δραπέτευσε μαζί με τον δεσμοφύλακά του Γιώργο Μωράκη, αλλά συνελήφθη μετά τρεις ημέρες, προδομένος από έναν εξάδελφό του, ο οποίος εισέπραξε την αμοιβή της επικήρυξής του.
Κλείστηκε στην απομόνωση στις φυλακές Μπογιατίου, απ’ όπου επιχείρησε ακόμη δύο φορές να δραπετεύσει, δείχνοντας έτσι τις ακατάλυτες δυνάμεις που έκρυβε μέσα του. Η περήφανη και ασυμβίβαστη στάση του έναντι στους στρατοδίκες της χούντας και τους βασανιστές του τον ανέδειξαν σε ηρωική μορφή τού αντιδικτατορικού αγώνα. Ο ηρωισμός του και η ανδρεία του αναγνωρίστηκαν και από τους ίδιους τους βασανιστές του.
Τον Αύγουστο του 1973, στο πλαίσιο των μέτρων φιλελευθεροποίησης του δικτατορικού καθεστώτος, επωφελήθηκε της γενικής αμνηστίας που χορηγήθηκε στους πολιτικούς κρατούμενους και αυτοεξορίστηκε στη Φλωρεντία, όπου φιλοξενήθηκε από τη σύντροφο και βιογράφο του Οριάνα Φαλάτσι (1929 – 2006). Του μέτρου επωφελήθηκε και ο μικρός του αδελφός Στάθης Παναγούλης, που ακολούθησε πολιτική καριέρα στη μεταπολίτευση (ΠΑΣΟΚ, ΕΣΠΕ, ΚΚΕ, Συνασπισμός, Πολιτική Άνοιξη, ΔΗΚΚΙ, ΣΥΡΙΖΑ).
Στις πρώτες μεταπολιτευτικές εκλογές του Νοεμβρίου του 1974, ο Αλέκος Παναγούλης εξελέγη βουλευτής στη Β’ Αθηνών με το κόμμα τής Ενώσεως Κέντρου – Νέων Δυνάμεων (ΕΚΝΔ), διάδοχο σχήμα της προδικτατορικής Ενώσεως Κέντρου (ΕΚ). Αρνήθηκε συνεργασία με το ΠΑΣΟΚ του Ανδρέα Παπανδρέου, για τον οποίον είχε αρνητική γνώμη. Τον Απρίλιο του 1976 διαφώνησε με την πολιτική τού κόμματός του κι έγινε ανεξάρτητος.
Την Πρωτομαγιά του 1976 βρήκε τραγικό θάνατο κάτω από μυστηριώδεις συνθήκες στη Λεωφόρο Βουλιαγμένης, στο ύψος του Αγίου Δημητρίου, όταν το αυτοκίνητο που οδηγούσε εξετράπη της πορείας του κι έπεσε σ’ ένα υπόγειο κατάστημα. Ο Τύπος της εποχής έγραψε ότι κάποιοι ήθελαν να τον βγάλουν από τη μέση, επειδή είχε στην κατοχή του απόρρητα έγγραφα της δικτατορίας που έδειχναν τις σχέσεις γνωστών πολιτικών προσώπων της μεταπολιτευτικής περιόδου με τη δικτατορία. Τίποτα, όμως, δεν αποδείχθηκε και τα δημοσιεύματα παρέμειναν στο επίπεδο της εικασίας.
Η κηδεία του έγινε στις 5 Μαΐου στο Α’ Νεκροταφείο της Αθήνας και την παρακολούθησε πλήθος κόσμου. Το σεντόνι που σκέπαζε το φέρετρο ήταν κεντημένο από τα χέρια της ηρωίδας μάνας του και σε μία ταινία γραφόταν: «Ο Αλέξανδρος Παναγούλης καταδικάσθηκε σε θάνατο γιατί έψαξε την ελευθερία. Το 1976 πέθανε γιατί έψαξε την αλήθεια και τη βρήκε».
Ο Αλέκος Παναγούλης άφησε πίσω του δυο ποιητικές συλλογές: «Άλλοι θ’ ακολουθήσουν», που βραβεύθηκε με το Διεθνές Βραβείο του Βιαρέτζιο και «Μέσα από φυλακή σας γράφω στην Ελλάδα», που τιμήθηκε με το Λογοτεχνικό Βραβείο της Αντιφασιστικής Αντίστασης στην Ιταλία. Πολλά από τα ποιήματά του γράφτηκαν κατά τη διάρκεια της φυλάκισής του.
